Có nhiều ý kiến chung quanh sự sụp đổ của toà tháp đôi, những cuộc tranh luận sôi nổi bàn về nguyên nhân của sự sụp đổ thu hút nhiều kỹ sư về cấu trúc, kiến trúc sư và các cơ quan hữu quan thuộc chính phủ liên bang. Thiết kế của toà tháp đôi chứa đựng nhiều phát kiến mới khác với các tòa nhà chọc trời được xây dựng trước đó. Mặc dù lực va chạm khi máy bay phản lực đâm vào và các đám cháy bùng phát sau đó là chưa từng xảy ra trong lịch sử thảm hoạ ngành xây dựng, một số kỹ sư tin quyết rằng những toà nhà chọc trời được xây dựng theo thiết kế truyền thống (như Empire State Building ở thành phố New York và toà tháp đôi Petronas của Malaysia) sẽ chịu đựng tốt hơn trong một tình huống như thế, có lẽ vẫn có thể tồn tại. Nếu lập luận trên là đúng, thì các toà nhà chọc trời khác có cùng một kiểu thiết kế với toà tháp đôi WTC (như Tháp Sears và Trung tâm John Hancock ở Chicago) đang bị nguy cơ sụp đổ hoàn toàn tự nhiên hoặc vì một vài đám cháy nho nhỏ như Trung tâm thương mại thế giới số 7 cao 186 mét (610 feet) sụp đổ vào 5 giờ 20 chiều ngày 11 tháng 9 năm 2001 trong không đầy 7 giây và được người dẫn chương trình của kênh CBS Dan Rather nhận xét trong chương trình truyền hình trực tiếp là lần thứ 3 ngày hôm nay, các vụ sụp đổ này (bao gồm 3 vụ ngày hôm đó, WTC1 và WTC2 vào buổi sáng và WTC7 vào buổi chiều) trông rất giống những vụ nổ có kiểm soát được thấy nhiều trên truyền hình khi người ta kích nổ những khối thuốc nổ được đặt chính xác từ trước để làm sập chúng.

Một cuộc điều tra cấp liên bang về an toàn phòng cháy và kỹ thuật xây dựng được tiến hành bởi Học viện Định chuẩn và Kỹ thuật Quốc gia thuộc Bộ Thương mại Hoa Kỳ, hoàn tất ngày 6 tháng 4 năm 2005, thanh tra về công trình xây dựng, vật liệu và các điều kiện kỹ thuật đã góp phần gây ra thảm hoạ WTC. Cuộc thanh tra được tiến hành nhằm phục vụ các mục tiêu sau:

• Cải thiện phương pháp thiết kế, xây dựng, bảo dưỡng và sử dụng các toà nhà.
• Cải thiện dụng cụ và phương pháp hướng dẫn dành cho các viên chức thuộc các ngành chức năng về an toàn và công nghiệp.
• Chỉnh sửa và xây dựng bộ luật, định chuẩn và thực hành phòng cháy chữa cháy.
• Cải thiện An toàn công cộng.

Bản tường trình kết luận rằng khả năng chịu lửa của cấu trúc thép tòa tháp đôi đã mất tác dụng ngay khi máy bay va chạm toà nhà, nếu điều này không xảy ra chắc chắn tòa nhà vẫn còn trụ được. Hơn nữa, bản tường trình cũng khẳng định cầu thang của toà nhà đã không được gia cố đúng mức hầu có thể cung ứng lối thoát cho những người ở bên trên điểm va chạm.[199]